По сюжету Crysis 3 выясняется, что ключевой плохой парень, так называемый Альфа Цеф, жив, и грохнуть его — было бы большим одолжением человечества. Пророк намерен положить конец всему, что связано с «цефами», а заодно — с корпорацией C.E.L.L. (CryNet Enforcement & Local Logistics), которая предъявила претензии на мировое господство. По сути игра Crysis 3 по-новому описывает инопланетное вторжение, придавая главному герою больше качеств через нанокостюм и оружие.

Crysis 3 — это пример того, как избитая до полусмерти тема вторжения инопланетян на самом деле не вызывает никакого раздражения, просто потому что в Crytek красиво обернули сюжет и создали качественный геймплей. Вторую часть Crysis ругали за обилие экшена и прямолинейность. Здесь такого нет, в Crysis 3 стелс не просто возможен, — он ещё и в некоторые моменты необходим. Причем, игрок не против, чтобы Нью-Йорк отдать на растерзание друнглям.